指纹刷卡考勤机虽然可以避免带打卡的现象，可以有效监督员工考勤，但还是有很多弊端的:
1、 指纹考勤系统适宜的使用单位界定在：考勤人数少、且环境好的单位，比如政府机关，或100人以下且环境好的企事业单位，不然使用起来很勉强和难受，或起不到考勤的作用而废弃，特别是对于人数较多的企业，上下班打指纹容易造成门口堵塞。
2、 指纹识别技术目前对于：手指脏了、手指湿了、手指太干、手指脱皮（包括季节性脱皮）、手指破了……等等情况，都不能正常识别，而只能靠在考勤机键盘上按密码的方式代替考勤识别签到
3、指纹刷卡考勤机是必须手指按到考勤机上的，这种接触也容易传播传染病。
4、大部分人打指纹都是正常的，但总有个别人打指纹经常打不上，导致这些员工觉得没有得到公平待遇。(个别人可以用密码来代替打指纹)
5、指纹是公安人员侦破案件时重要的现场证据，是追捕疑犯的重要线索。用户在网上购买指纹套，这也就意味着要将自己的指纹提供给卖家。如果别有用心的人在作案时利用了某人的指纹，该人很有可能首先成为犯罪嫌疑人而进入公安人员的视野。即使经过调查解除嫌疑，也会给本人带来许多不必要的麻烦，并且会延长公安机关侦破案件的时间，为公安机关带来人力、物力的浪费。同时，随着指纹识别技术的应用越来越普遍，今后指纹识别技术还有可能应用在社保卡、银行卡、指纹门锁等其他领域，因此指纹信息外泄，就意味着将身份信息外泄，如同将身份证借给他人，非常危险。
